1846. gada 18. februārī Lielā ģilde nolēma uzcelt Āgenskalnā koka baznīcu un nosaukt to Mārtiņa vārdā. 1851. gada 16. maijā tika likts baznīcas pamatakmens. Baznīcas būvprojektu izstrādāja arhitekts Johans Daniels Felsko.

Mārtiņa baznīcā ir risināts vides pieejamības jautājums, lai būtu iespēja iekļūt ēkā personām ar kustību ierobežojumiem. Auto novietošana ir baznīcas priekšlaukumā, stāvvietas nav speciāli marķētas. No stāvlaukuma nav norādes un celiņa ar drošu, gludu segumu, lai nokļūtu pie ēkas. Tās kreisās garenfasādes sākumā pie vienām no ēkas esošām durvīm ir izbūvēts neliels panduss uzbraukšanai durvju atvēršanās un 1. stāva telpu grīdas līmenī. No stāvlaukuma asistents aizved apmeklētāju līdz iekļuves vietai ēkā – sānu durvīm. Ēkā iekļūstot nekādi pacēlumi nav jāpārvar, ienācējs brīvi var pārvietoties pa baznīcas telpu. Baznīcas vējtvera kreisajā pusē ir izbūvētas tualetes telpas, kas paredzētas arī apmeklētājiem ratiņkrēslos. Ērģeles atrodas baznīcas ēkas balkona stāvā un ir pieejamas pa vītņveida kāpnēm ar daudziem pakāpieniem. Cilvēkiem ratiņkrēslos nokļūšana balkonā nav iespējama.